ゼロからはじめるconsed 03 第2章 ためしにつかってみる (生物系のための読み物)

20220628 第2章 ためしにつかってみる

先生は｢研究室のパソコンで使っていい｣とおっしゃいました。

その日は｢種を記載する 生物学者のための実際的な分類手順｣を読んでいましたが、全く頭に入りませんでした。

手元にあるシーケンスデータを試しにconsedで開いてみることにしました。

先生は｢ところで、Linuxの知識はどれくらいある？｣とききました。

私は｢lsコマンドを打ってそれっきりです｣みたいなことをもにょもにょ言いました。

パソコンを起動しました。

ユーザー名を入れましたが間違えました。

何とか入れました。

HOMEディレクトリを開きました。

そこから先は分かりません。

先生が何とかでぃれくとりにシークエンスabiファイルををえでぃっとでぃれくとりの中で端末を開いて｢ふれっどふらっぷこんせどだよ｣と教えてくださいました。

｢phrep phrap consed｣と打ち込んでリターンキーを押しました。

ダメでした。

あやまちにきがつきました。

｢phred phrap consed｣と打ち込みました。

ダメでした。

正解は｢phredPhrap｣してから｢consed｣でした。

ともかくDNAのATCGがだーっと並んだ画面を表示させることが出来ました。

こんてぃぐを決定しなければなりません。

しかし肝心のATCGのうにょうにょのグラフがありません。

色々なところをクリックしてはconsedに色々言われました。

1番多く言われたのは、バツ印で閉じないでDISMISSボタンを押して閉じなさい、でした。

なぜバツ印を表示するんだと思いました。

consedの中にあるマニュアルをよみましたが、全て大文字のアルファベットで書いてあるとだけ分かりました。

今日は文字が読めない日でした。

先生に助けを求めました。

先生は｢なかくりっくだよ！｣とおっしゃいました。

配列の真ん中をクリックしました。

｢スクロールボタン！｣

とってもかんたんでした。